SARS-CoV-2

Alternativt navn: SARS-CoV-2 (PCR), nytt coronavirus, koronavirus, covid-19, covid, SARS-CoV-2 varianter, alfa-, beta-, gamma- eller delta- variant

Indikasjoner

SARS-CoV-2 kan gi fra mild sykdom som forkjølelse til alvorlig sykdom med lungeaffeksjon beroende på alder og immunforsvar. Sykdomsbildet kan være vanskelig å skille fra andre årsaker til luftveisinfeksjon. Det er derfor aktuelt å be om testing på luftveisvirus og luftveisbakterier i tillegg.

Symptomer er feber, hoste, tungpustethet, tap av smak- eller luktesans, sår hals, eller sykdomsfølelse. Diaré forekommer. For beboere i sykehjem bør det være lav terskel for å mistenke covid-19. Behandlingen er symptomatisk. Antivirale midler har ingen effekt.

Tolkning

Erfaringen vi har i dag, forutsatt god prøvetaking, tilsier at PCR på materiale fra nasofarynx/dyp neseprøve eller hals er gode metoder i tidlig fase av covid-19, men at sensitiviteten synker etter en drøy uke, det vil si i den fasen flere pasienter opplever en forverring og må innlegges på sykehus. I denne fasen vil prøver fra nedre luftveier og/eller serologi være gode supplementer.

Positivt svar er forenlig med infeksjon med SARS-CoV-2. 

Ved positivt resultat på SARS-CoV-2 vil prøven bli undersøkt for SARS-CoV-2-varianter som har klinisk betydning på grunn av mulig økt smittsomhet, alvorligere sykdom og/eller redusert vaksine respons og derfor bør overvåkes. Ved positivt resultat for SARS-CoV-2 PCR gjøres en tilleggsundersøkelse med multipleks PCR som skiller på de 3 viktige variantene:

1.        Alfa-varianten 501Y.V1 («Britisk variant»). Mutasjonen N501Y gir endringer i reseptor-bindende domene i spike glykoproteinet med mulig økt smittsomhet og mulig alvorligere sykdom enn villtypen (Wuhan-varianten).

2.         Beta-variant 501Y.V2 («Syd-afrikansk variant»). Tre mutasjoner (N501Y, K417N, E484K) i reseptor-bindende domene i spike glykoproteinet som mulig økt smittsomhet og mulig redusert vaksine respons.

3.         Delta-variant B.1.617.2 («indisk variant»). Omfatter også variantene B.1.617.1 og B.1.617.3. Delta-varianten har en rekke mutasjoner og delesjoner i S-proteinet og gir alvorligere sykdom og smitter lettere enn alfa-varianten. Vaksinasjon med mRNA-vaksine gir høy beskyttelse mot alvorlig sykdom forårsaket av delta-varianten både etter én og to doser, men beskytter mindre mot sykdom.

En annen aktuell variant er Gamma-varianten B.1.1.28 («Brasiliansk variant») som har 17 aminosyre forandringer hvorav 10 i spike glykoproteinet med mulig økt smittsomhet og mulig redusert vaksine respons.

En ny virusvariant C.36 med mange viktige mutasjoner i spike-proteinet ble oppdaget i Norge i mai. Varianten har endringer sett både i alfa- og deltavarianten og overvåkes i Norge og internasjonalt.

Ved vurdering av smittsomhet må analyseresultatet samordnes med kliniske opplysninger og evt. andre funn. Påvisning av SARS-CoV-2 ved PCR i sykdomsforløpet kan ikke knyttes til smittsomhet. PCR kan forbli positiv lenge etter at infeksjon er overstått, på grunn av langvarig utskillelse av resterende viralt RNA fra døde virus. Det er komplisert å dyrke virus (påvise «levende» virus), og denne metodikken er ikke etablert i rutinen i Norge. Flere gode studier viser at mengde virus i luftveiene reduseres raskt etter symptomstart. Pasienter med mild til moderat sykdom skiller ikke lenger ut replikerende (“aktivt”) virus etter at det har gått 10 dager fra symptomstart og er således ikke lenger smitteførende. Krav om symptomfrihet (bortsett fra feberfrihet) tillegges ikke vekt, da svært mange vil ha restsymptomer som varer over tid. Mange pasienter vil ha vedvarende symptomer også etter den smitteførende fasen, slik som tap av/endret smak- og luktesans, dyspnoe, hoste, nedsatt almenntilstand og myalgier. Hos alvorlig syke og/eller alvorlig immunsupprimerte, foreligger det mindre dokumentasjon, men man har hos noen få klart å finne replikerende virus opp til 20 dager etter symptomstart.

Dersom en person får luftveissymptomer etter avisolering, og det er tatt en ny PCR som er positiv, kan man ikke si at dette er et tilbakefall av covid-19. I slike situasjoner er det viktig å vurdere om det kan være andre årsaker til pasientens symptomer. Dersom annen årsak ikke påvises, bør det vurderes om det kan foreligge en mutant av viruset, og FHI bør kontaktes. For personer med normalt immunsystem kan man, basert på studier, gå ut fra at symptomene skyldes noe annet. Personer med alvorlig immunsvikt vil kunne bruke lang tid på å bekjempe infeksjonen.

Ved positivt testresultatet hos en asymptomatisk person som ikke er nærkontakt og ved lavt smittetrykk i samfunnet, bør man reteste. En ny test vil øke den positive prediktive verdi betydelig.

Ved negativt testresultatet og sterk klinisk mistanke om covid-19, bør man reteste.

For siste oppdateringer angående varianter vises til FHI sine nettsider:

https://www.fhi.no/nettpub/coronavirus/testing-og-oppfolging-av-smittede/pavisning-og-overvakning-av-sars-cov-2-virusvarianter/

Merknad

SARS-CoV-2 PCR har en analytisk ytelse som nærmer seg 100% ved høyt virus kopitall (500-5000 copies/mL). PCR påviser nukleinsyrer og resultatet sier ikke noe om det er replikerende virus eller ikke. Prøvetakning må ta hensyn til hvor pasienten er i sykdomsforløpet – tidlig i forløpet er virusmengden størst i øvre luftveier, senere i forløpet i nedre luftveier. Biologi og preanalytiske faktorer (prøvetaking, transport) kan medføre at sensitiviteten synker til ca 80%, mens spesifisiteten er 98-99%. Ved negativt resultat og typisk sykdomsbilde bør testen gjentas.

Norsk bruksnavn: Us-SARS-CoV-2 RNA
NLK-kode: NPU59097, NPU60214 (alfa-variant), NPU60215 (beta-variant), NPU60216 (gamma-variant), NPU60376 (delta-variant B.1.617.1), NPU60377 (delta-variant B.1.617.2), NPU60378 (delta-variant B.1.617.3)
Analysenummer: PM3
Forkortet analysenavn: SARSCOV2

Prøvemateriale og mengde

Nasofarynx- eller halspensel Copan eSwab i Amies transportmedium.

Merking

Benytt etikett med strekkode med sluttsiffer A eller B.